La Sección Veterinaria de nuestro instituto, está conformada por un oficial, seis suboficiales y un empleado civil de planta, teniendo como objetivo cubrir las áreas de salud animal y salud pública en la Escuela Militar.
Específicamente en el área de salud animal, tiene la misión de mantener, proteger y recuperar la salud del ganado equino de cargo del instituto, lo cual se realiza mediante controles preventivos, herraje mensual, diagnóstico y tratamiento para las lesiones o enfermedades que pudieran presentar. A su vez, en el área de salud pública, la Sección Veterinaria tiene la misión de atender los requerimientos de sanitizaciones, manejo integral de plagas, y proteger la salud del personal mediante controles de inocuidad alimentaria.
Las dependencias de la sección, se encuentran ubicadas en el Escuadrón Montado, con el objetivo de atender en el menor plazo posible las emergencias que se pudieran producir en el ganado, y fue remodelada el año 2020 contando actualmente con todo el equipamiento necesario para poder cumplir con los objetivos de salud pública y salud animal.
Cabe destacar que el próximo 18 de abril, el Servicio de Veterinaria del Ejército cumple 126 años desde la creación de la Escuela Veterinaria Militar el año 1898, hito que marca el inicio de la enseñanza de esta profesión en el país.